Несмотря на всё, в 1512 году фреска была завершена, и результат ошеломил всех — потолок с сюжетами из книги Бытия стал одним из величайших шедевров искусства. После росписи потолка Сикстинской капеллы мастер вернулся туда уже при другом папе — Павле III, который в 1534 году поручил ему создать фреску «
Страшный суд» на алтарной стене капеллы. Эта работа тоже вызвала сильные споры и новый конфликт — на этот раз не с самим папой, а с высокопоставленными церковниками и цензорами.
Главные причины конфликта: обнаженные фигуры. На фреске множество нагих тел, в том числе Иисус, Мадонна и святые изображены без одежды, в мускулистых и выразительных формах. Многие при дворе Ватикана сочли это неприличным и кощунственным.
Особенно резкие протесты исходили от кардинала Караффа (будущего папы Павла IV) и епископа Бьяджо да Чезена, который заявил, что такая фреска больше подходит для бань, чем для церкви.
Микеланджело отреагировал с сарказмом: он изобразил самого Бьяджо да Чезена на фреске в виде Миноса — судьи ада, с ослиными ушами и обвившейся вокруг него змеей.
Папа Павел III, увидев это, якобы сказал, что даже если бы хотел, не может спасти Бьяджо, потому что "юрисдикция ада — не папская".
Позже, уже после смерти Микеланджело, по приказу Тридентского собора фреска всё же была частично переделана — нагота прикрыта набросками одежды, над которыми работал художник Даниэле да Вольтерра, прозванный с тех пор "панталонником" (Il Braghettone).
Таким образом, «Страшный суд» стал не только вершиной позднего творчества Микеланджело, но и символом конфликта между свободой художественного выражения и религиозной цензурой.