В этот период он пишет религиозные композиции, где меньше светлой поэтичности и больше внутреннего напряжения. Линия становится жестче, выражение лиц — сосредоточеннее. Мир Боттичелли словно погружается в размышление о грехе, покаянии и духовной ответственности. Картины вроде «Мистического Рождества» отражают атмосферу времени: художественный язык меняется вместе с городом и настроением эпохи.
Последние годы проходят тихо. Боттичелли продолжает работать, но получает меньше крупных заказов. Молодые мастера — Леонардо,
Микеланджело, Рафаэль — формируют новую эстетику Высокого Возрождения, для которой характерны сложная анатомия, объем и уверенная перспектива. На фоне этой мощной волны стиль Боттичелли, основанный на линии и эмоциональной мягкости, кажется принадлежностью прошедшей эпохи.
После смерти в 1510 году его имя постепенно уходит в тень. Вплоть до XIX века он остается фигурой, известной в узком кругу знатоков. Возрождение интереса к его искусству начинается позже, когда художники и критики открывают в его работах то, что не замечали современники: хрупкую поэтичность, тонкую выразительность и способность превращать миф в образ человеческого чувства.
Именно в XIX веке Боттичелли становится источником вдохновения для художников английских прерафаэлитов. Они видели в его картинах идеал чистой линии, искренности и эмоциональной ясности, которой не хватало искусству их времени. Фигуративная мягкость Боттичелли повлияла на Уильяма Морриса, Данте Габриэля Россетти и Эдварда Берн-Джонса. Они переняли его язык линий, внимание к деталям и поэтическое отношение к мифам, создавая собственные образы, которые будто переговариваются с флорентийским мастером сквозь века.
Влияние Боттичелли заметно и в искусстве рубежа XIX–XX веков. Художники символизма находили в его работах образец соединения философии и эмоционального переживания. Для них он был примером того, как живопись может говорить о внутренних состояниях человека, не прибегая к сложной композиционной конструкции.
Сегодня Боттичелли воспринимается как мастер, который сумел соединить дух Раннего Возрождения с личной интонацией. Его линия стала одной из самых узнаваемых в мировой живописи, а мифологические и религиозные сцены — частью визуального языка эпохи. Он оставил наследие, которое пережило собственное время и стало основой для нового взгляда на искусство — более эмоционального, утонченного и внимательного к внутреннему состоянию человека.